Từ tháng 9 đến tháng 11 năm 1989, trong cuộc xung đột Tchad-Libya, Kutum đã bị quân đội Tchad chiếm đóng trong một thời gian ngắn.[1]

Trong cuộc xung đột Darfur đầu thế kỷ 21, thị trấn đã bị tấn công nhiều lần. Mặc dù chủ yếu do chính phủ kiểm soát, quân nổi dậy đã chiếm giữ Kutum trong một thời gian ngắn vào tháng 8 năm 2003.[2][3] Khu vực phía đông bắc thị trấn phần lớn do Phong trào Giải phóng Sudan kiểm soát, trong khi các lực lượng dân quân như janjaweed kiểm soát phía nam và phía tây. Hai trại dành cho những người tị nạn, Fatta Borno và Kassab, được thành lập gần thị trấn.[4]